Muzeum Zubří navazuje na tradici Památníku revolučních tradic, instalovaného v roce 1977 v historickém domě „Petrohrad“. Památník byl zaměřen převážně na výklad tzv. revolučních tradic, ale okrajově se věnoval i historii obce a zuberské výšivce. Expozice, která byla poplatná své době, byla především cílem organizovaných výprav a místní občané o památník projevovali jen malý zájem. Se změnou režimu po roce 1989 byla expozice pro nezájem uzavřena. Idea obecního muzea však nezanikla.
Historicky cenná budova nazývaná Petrohrad je první kamennou občanskou stavbou v Zubří. V minulosti patřila dceři posledního fojta Jana Palackého, bratra historika Františka Palackého. Na její čelní zeď byla zasazena mramorová deska se jmény zuberských obětí II. světové války a po roce 1990 na tuto zeď byla přemístěna i kamenná deska se jmény všech zuberských legionářů I. světové války. Z iniciativy kulturní komise obce bylo v roce 1995 první patro Petrohradu přebudováno na výstavní galerii, využívanou pro krátkodobé výstavy představující historii obce, výtvarné umění i výrobky místních obyvatel. Přízemí budovy pak bylo pronajato k soukromému podnikání.
Úspěšná výstava zuberské výšivky na Pražském hradě v roce 1996, kterou připravila vedoucí národopisného oddělení Národního muzea v Praze doktorka Jiřina Langhammerová, motivovala kulturní komisi obce k záchraně této již skomírající tradice originální lidové tvorby. V té době bylo rozhodnuto, že kulturní komise zaměří svou činnost muzea na dvě oblasti: zuberskou výšivku a historii Zubří. Její členové začali shromažďovat první předměty dokumentující historii obce i zuberské výšivky. Položili tak základ současné sbírky Muzea Zubří. V následujících letech 1997 až 2010 vykupovala Obec Zubří a později Město Zubří od soukromé osoby sbírkové předměty, které vytvořily základ současné archeologické, geologické a paleontologické podsbírky Muzea Zubří. S rozšiřujícím sbírkovým fondem začalo od roku 1996 muzeum využívat prostor nad mateřskou školou (Sídliště 6. května) jako depozitář, kde byla sbírka umístěna.
Změna statutu obce Zubří na město v roce 2002 ještě více podnítila snahu kulturní komise o zřízení vlastních stanov zuberského muzea a zapsání sbírky muzea do Centrální evidence sbírek. Dne 22. 10. 2002 byl schválen Radou města Statut muzea a následující rok v lednu byla jmenována první muzejní rada s předsedou Janem Koláčkem. Pan Koláček dlouhá léta neúnavně spravoval a rozšiřoval sbírky muzea, současně se věnoval důležitým mezníkům zuberské historie.
V roce 2004 schválilo Zastupitelstvo města Zubří členství Muzea Zubří v Asociaci muzeí a galerií ČR. Depozitář umístěný v mateřské škole byl v roce 2008 upraven a zpřístupněn veřejnosti. Sbírkový fond zde byl prezentován až do roku 2013, kdy byly prostory uvolněny z důvodu navýšení potřeb pro umístění dětí ve školce. Sbírka Muzea Zubří byla dočasně uskladněna v náhradních prostorách města. Hledaly se nové prostory pro uložení sbírky. Téhož roku z rozhodnutí Rady města byla podána žádost na Ministerstvo kultury o zapsání etnografické podsbírky do Centrální evidence sbírek. Zapsána byla dne 23. 12. 2013 pod názvem: „Národopisná sbírka Muzea Zubří“. Cenná podsbírka obsahující součásti ženského i mužského kroje, výšivky zuberských žen od konce 19. století po současnost měla celkem 187 sbírkových předmětů.
Nová kapitola dějin Muzea Zubří se začala psát 10. 3. 2016, kdy starosta města Zubří Ing. Lubomír Vaculín odemkl slavnostně bránu nového depozitáře umístěného v budově na Hlavní ulici č. p. 824 (vedle lékárny). Depozitář muzea, který opět slouží k uložení sbírkových předmětů, je obohacen o stálou expozici, kde muzeum prezentuje své sbírkové fondy široké veřejnosti. Zcela nová expozice věnující se historii Zubří a zuberské výšivce je návštěvníkům přibližována v komentovaných prohlídkách. Mohou se seznámit s krásou a tradicí zuberské výšivky, archeologickými nálezy z hradu Rožnov či s horninami, minerály a paleontologickými nálezy sesbíranými v lokalitách Zubří a s věcmi z každodenního života lidí ze Zubří. Veřejnosti je depozitář zpřístupněn každé pondělí a pátek od 14:00 do 18:00 hod a ostatní dny na základě telefonické domluvy. V prostoru depozitáře, kromě místnosti na uložení sbírkových fondů muzea, je umístěno i Vzdělávací centrum pojmenované po panu Janu Koláčkovi, kde budou probíhat krátkodobé i dlouhodobé výstavy, přednášky, ale i edukační činnost pro školky a školy.
Začátkem července byla zahájena rekonstrukce historicky cenné budovy Muzea Zubří – „Petrohrad“. Po jejím dokončení bude i nadále první patro sloužit jako výstavní galerie pro krátkodobé výstavy pořádané Muzeem Zubří.
